El 5 de julio de 1972 se abre al tráfico civil nacional de pasajeros, mediante la Orden de 20 de junio de ese año, con el nombre de "Aeropuerto de Noáin". Al día siguiente, la compañía AVIACO inaugura una línea regular con Madrid, aumentando la frecuencia inicial de vuelos de uno semanal a un vuelo diario en 1973.

El 6 de julio de 1973 se inauguran el primer Edificio Terminal y la Torre de Control, construidos por la Subsecretaría de Aviación Civil, así como el acceso al Aeropuerto, llevado a cabo por la Diputación.

A finales de ese mismo año se inician las obras de ampliación de la pista de vuelo por la cabecera norte hasta alcanzar los 2.207 metros. Estas obras, sufragadas también por la Diputación Foral, se inauguran el 6 de julio de 1974. Esta ampliación permite la operación con reactores.

En febrero de 1975 el aeropuerto pasa a ser considerado como de segunda categoría administrativa. Unos meses después se inician las obras de balizamiento de la pista. En 1976 se lleva a cabo la construcción de la central eléctrica.

Como consecuencia del incremento significativo de pasajeros en octubre de 1991 se lleva a cabo la demolición parcial del edificio terminal de pasajeros, iniciándose la construcción de uno nuevo con una superficie de 2.600 m², inaugurado el 11 de noviembre de 1992.

En noviembre de 1993 se inicia la ampliación de la urbanización y aparcamiento de vehículos de acceso público, finalizándose al año siguiente, ocupando una extensión de 21.262 m².

Otras muchas obras han venido realizándose a lo largo de los años, tanto en los aspectos de infraestructura como en la instalación de ayudas a la navegación, tendentes a conseguir la mayor seguridad posible en el Aeropuerto, tema este en el que la Administración Foral ha tenido una gran sensibilidad. Estas obras han sido financiadas, en unos casos por parte del Ministerio correspondiente y en otros, por el Gobierno de Navarra.

Es evidente que durante los años de funcionamiento del Aeropuerto se ha asistido a un desarrollo espectacular del mismo. Basta para ello recordar los 29.600 pasajeros transportados en 1973, primer año completo con vuelos diarios, o los 86.000 de 1977, 5 años después de su inauguración, con los 434.062 pasajeros que han utilizado el aeropuerto de Noáin-Pamplona  en 2008. En esta cifra han tenido incidencia además de los vuelos regulares, vuelos charter que se ofrecen en determinadas épocas del año, así como la aparición de nuevas compañías que operan en el aeropuerto.

En 1995 alcanza un elevado nivel de utilización de sus instalaciones debido al auge de la aviación regional, manteniendo  un alto índice estratégico de desarrollo, sobrepasándose los 300.000 viajeros/año .

El tráfico aéreo es marcadamente regular y nacional y, por lo tanto, poco estacional, por lo que se mantiene a lo largo de toda la temporada en cifras similares. La gran mayoría del tráfico comercial se realiza con los aeropuertos de Madrid-Barajas y Barcelona.

Aena Aeropuertos está realizando un importante esfuerzo inversor que ha permitido modernizar y transformar el aeropuerto para satisfacer, con altos niveles de seguridad y calidad, los requerimientos futuros de la demanda de transporte aéreo.

En noviembre de 2010 se puso en funcionamiento un nuevo edificio terminal de 12.400 m²  , además de la adaptación de los accesos y la urbanización correspondiente.

En el año 2011, el aeropuerto registró un total de 238.380 pasajeros, 9.603 movimientos de aeronaves y 30 toneladas de carga.

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 Maqueta de la ampliación del aeropuerto

,En total, Aena ha invertido un total de 28,2 millones de euros en las obras de ampliación  de la a nueva terminal del aeropuerto de Noáin-Pamplona.

Por último, la nueva torre de control cuenta con 1.500 m²  y 20 metros de altura.

El aeropuerto de Pamplona ha puesto en funcionamiento en noviembre de 2010 una serie de nuevas infraestructuras que duplican la capacidad del aeropuerto. Así, se ha inaugurado un nuevo edificio terminal de pasajeros, con una superficie
de 12.400 m² y dotado de nueve mostradores de facturación más uno para equipajes especiales, dos filtros de seguridad, tres puertas de embarque y dos cintas de recogida de equipaje más otra para equipajes especiales. Estas nuevas dotaciones permitirán atender hasta 1,1 millones de pasajeros al año con los más altos niveles de seguridad y calidad.

Asimismo, se han ampliado el aparcamiento público de vehículos, que alcanza las 657 plazas, y la plataforma de estacionamiento de aeronaves, que cuenta con tres puestos de estacionamiento para aviones grandes del tipo A-320 y cinco para aviación regional.

Desde el mes de mayo de 2010 se encuentra en servicio la ampliación del campo de vuelos, que aumentó la longitud de la pista en 200 metros, hasta los actuales 2.400 metros. Esta mejora permite despegar con aviones reactores, tipo Boeing 737, a plena carga y en condiciones desfavorables de temperatura y humedad. De este modo, pueden operar aeronaves de mayor envergadura, lo que facilita la apertura de nuevas rutas a destinos más lejanos desde el aeropuerto de Pamplona.

Las dotaciones del aeropuerto se completarán con una nueva torre de control de 1.500 metros cuadrados y 20 metros de altura dotada con la tecnología más avanzada para garantizar los máximos niveles de seguridad. Las obras finalizarán en la primavera de 2011.

Respeto al medio ambiente. Todas estas actuaciones se llevan a cabo con el máximo respeto al medio ambiente y al entorno aeroportuario. Así, como consecuencia de la ampliación del aeropuerto de Pamplona, Aena está ejecutando el Plan de Aislamiento Acústico (PAA) que contempla la insonorización de 54 viviendas: 8 ubicadas en Noáin y 46 en Galar.