El 5 de julio de 1972 se abre al tráfico civil nacional de pasajeros, mediante la Orden de 20 de junio de ese año, con el nombre de "Aeropuerto de Noáin". Al día siguiente, la compañía AVIACO inaugura una línea regular con Madrid, aumentando la frecuencia inicial de vuelos de uno semanal a un vuelo diario en 1973.

El 6 de julio de 1973 se inauguran el primer Edificio Terminal y la Torre de Control, construidos por la Subsecretaría de Aviación Civil, así como el acceso al Aeropuerto, llevado a cabo por la Diputación.

A finales de ese mismo año se inician las obras de ampliación de la pista de vuelo por la cabecera norte hasta alcanzar los 2.207 metros. Estas obras, sufragadas también por la Diputación Foral, se inauguran el 6 de julio de 1974. Esta ampliación permite la operación con reactores.

En febrero de 1975 el aeropuerto pasa a ser considerado como de segunda categoría administrativa. Unos meses después se inician las obras de balizamiento de la pista. En 1976 se lleva a cabo la construcción de la central eléctrica.

Como consecuencia del incremento significativo de pasajeros en octubre de 1991 se lleva a cabo la demolición parcial del edificio terminal de pasajeros, iniciándose la construcción de uno nuevo con una superficie de 2.600 m², inaugurado el 11 de noviembre de 1992.

En noviembre de 1993 se inicia la ampliación de la urbanización y aparcamiento de vehículos de acceso público, finalizándose al año siguiente, ocupando una extensión de 21.262 m².

Otras muchas obras han venido realizándose a lo largo de los años, tanto en los aspectos de infraestructura como en la instalación de ayudas a la navegación, tendentes a conseguir la mayor seguridad posible en el Aeropuerto, tema este en el que la Administración Foral ha tenido una gran sensibilidad. Estas obras han sido financiadas, en unos casos por parte del Ministerio correspondiente y en otros, por el Gobierno de Navarra.

Es evidente que durante los años de funcionamiento del Aeropuerto se ha asistido a un desarrollo espectacular del mismo. Basta para ello recordar los 29.600 pasajeros transportados en 1973, primer año completo con vuelos diarios, o los 86.000 de 1977, 5 años después de su inauguración, con los 434.062 pasajeros que han utilizado el aeropuerto de Noáin-Pamplona  en 2008. En esta cifra han tenido incidencia además de los vuelos regulares, vuelos charter que se ofrecen en determinadas épocas del año, así como la aparición de nuevas compañías que operan en el aeropuerto.

En 1995 alcanza un elevado nivel de utilización de sus instalaciones debido al auge de la aviación regional, manteniendo  un alto índice estratégico de desarrollo, sobrepasándose los 300.000 viajeros/año .

El tráfico aéreo es marcadamente regular y nacional y, por lo tanto, poco estacional, por lo que se mantiene a lo largo de toda la temporada en cifras similares. La gran mayoría del tráfico comercial se realiza con los aeropuertos de Madrid-Barajas y Barcelona, el 92,7 por ciento del total, siendo Lisboa el tercer destino más representativo en 2006.

En el año 2006, el aeropuerto registró un total de 375.308 pasajeros, 11.419 movimientos de aeronaves y 59 toneladas de carga.

Aena invertirá más de 57 millones de euros para el periodo 2005-2010 en el Aeropuerto de Pamplona, frente a los 25 millones inicialmente previstos. El esfuerzo inversor tendrá un considerable adelanto e incremento en esos 5 años para poder atender la demanda futura.

El objetivo es dotar al Aeropuerto de Pamplona de unas instalaciones adecuadas a los requerimientos de las compañías aéreas y los pasajeros así como conseguir un servicio de la máxima calidad.

Por otra parte, Aena ha realizado un estudio integral de la zona relativo a la operatividad del aeropuerto para analizar la mejora resultante de la posible instalación del sistema instrumental de aproximación ILS más adecuado a las características del mismo. Como conclusión del citado estudio, la categoría I con la reubicación de algunas radioayudas consigue mejorar sustancialmente la altura de decisión, lo que permitirá reducir el porcentaje de vuelos desviados aproximadamente en un 75 por ciento.

En junio de 2005 se adjudicó la remodelación y ampliación de la parte antigua del Edificio Terminal para optimizar el aprovechamiento del mismo. Dicha remodelación representó una inversión de 781.685,20 euros.

En el mes de diciembre de 2006, Aena autorizó la contratación de la ampliación de la pista en el Aeropuerto de Pamplona, por un importe de 8.303.110 euros y un plazo de ejecución de 13 meses. Estas obras consisten en la prolongación de la pista en 200 metros por la cabecera 33 hasta completar una longitud de 2.407 metros así como la reposición de determinadas áreas asociadas (franja, área libre de obstáculos, área de seguridad, área del localizador ILS 15, plataforma de viraje, etc.).

En el mes de enero de 2007 tuvo lugar la presentación por parte de AENA del proyecto de Reforma Integral del Aeropuerto de Pamplona - Noáin, realizada tras una demora sufrida en la fecha inicialmente acordada en abril de 2005 para el inicio de estas obras, debido a los plazos propios de redacción y tramitación del proyecto. 

Por parte del Departamento de Obras Públicas del Gobierno de Navarra se ha puesto de manifiesto la necesidad de garantizar que la nueva terminal del Aeropuerto de Pamplona -Noáin tenga una capacidad operativa de hasta 1.000.000 de pasajeros/año, ya que Navarra debe aspirar a contar con dicha cifra de viajeros en transporte aéreo a medio plazo. 
 

 Maqueta de la ampliación del aeropuerto

La nueva terminal del aeropuerto de Noáin-Pamplona, que triplicará la superficie dedicada al tratamiento de pasajeros, entrará en funcionamiento en el segundo semestre de 2010, mientras que la nueva torre y la pista estarán listas para finales de este año. En total, Aena ha invertido un total de 28,2 millones de euros en estas obras de ampliación .

Esta ampliación incrementará la calidad de los servicios, la cantidad de pasajeros y la operatividad, ya que se prevé que con la ampliación de 200 metros de pista puedan operar en el Aeropuerto de Noáin-Pamplona  aviones tipo Boeing 737 a plena carga y en situaciones meteorológicas adversas, dando entrada a nuevas compañías aéreas y a la posibilidad de ofrecer rutas de mayor alcance y de esta forma potenciar el turismo y desarrollo de la comunidad

La ampliación permitirá  ofrecer un mayor número de mostradores de facturación, con lo que las colas disminuirían; habrá además dos filtros de seguridad en vez de uno, y aumentando así la comodidad y el espacio.

En concreto, la primera planta de la terminal incluirá el bloque técnico y la oficina de metereología y coordinación; en la segunda planta se ubicará el centro de procesamiento y datos, mientras que en el sótano estarán los vestuarios y el almacén.

En total, las nuevas instalaciones aeroportuarias contarán con unos 12.400 m²  incluyendo el bloque técnico, la reubicación de los servicios afectados y la adaptación de los accesos y la urbanización correspondiente.

El proyecto incluye también la ampliación de la plataforma de aeronaves (contará con tres puestos para aviones del tipo A-320 y 5 para aviación regional) y del Parking Público de vehículos, con 11.000 metros cuadrados más para añadir 114 nuevas plazas, lo que dejará un total de 654.

Además, el proyecto de ampliación del campo de vuelos, actualmente en construcción, hará que la pista aumente su longitud en 200 metros y pase de los 2.207 metros actuales a 2.407.

También se llevará a cabo la reposición de las franjas y áreas de seguridad del extremo de pistas y el vallado perimetral. Asimismo, la actuación contempla la construcción de una plataforma de viraje en pista para aeronaves tipo B-757-200 y MD-88, manteniéndose en servicio la actual.

Por último, la nueva torre de control contará con 1.500 m²  y 20 metros de altura.